Никон появился в Кремле в 1646 году согласно обычаю — каждому вновь избранному игумену представать пред ясные государевы очи.
В те дни молодой царь Алексей Михайлович еще переживал почти одновременную смерть отца, царя Михаила, и матери Евдокии. Выросший в окружении большой семьи, он с малолетства воспитывался как наследник престола, которому ничто не могло помешать стать царем.
Однако с первых дней власти осиротевшему царю Алексею остро не хватало близкого по духу человека, какой был у его отца в лице Филарета.
Беседа за беседой открывали Алексею Михайловичу незаурядный характер Никона.
Он заступался за обиженных и обездоленных. Царю это нравилось, он оставил игумена в Москве. Как архимандрит Новоспасского монастыря, Никон поразил прихожан тем, что создал пение одушевленное, «паче органа бездушного», произносил проповеди.
Царь, услышав никоновских певчих, завел такое же пение в своей придворной церкви.
Никон добился через константинопольского патриарха запрещения старого многогласия и «порченого пения». Не всем это понравилось, но все помалкивали, видя, как возвышается новый архимандрит.
Алексей Михайлович не отказывал Никону в средствах, а тот использовал их на устройство богаделен. В дни голода организовал раздачу еды бедным.
После смерти патриарха Иосифа Никон, по желанию царя Алексея Михайловича, предложили сан патриарха. Он наотрез отказался. Царь, созвав бояр и народ, в Успенском соборе кланялся в ноги Никону и со слезами умолял его принять патриарший сан. Гордый монах согласился при условиях: почитать его как архипастыря, считать его решения не подлежащими даже царскому обжалованию, не вмешиваться в его церковные дела, дать ему возможность устроить церковную жизнь по своему усмотрению и предоставить ему обо всем этом письменное обещание.
Tакого на Руси еще не бывало, но Алексей Михайлович на все согласился и «дал о том бумагу».
Шесть лет Никон управлял Русской православной церковью, начав с исправления церковных книг, сравнивая их с греческим подлинниками в пользу последних. Он перенес в Москву греческие амвоны, посох, клобуки и мантии, церковные напевы, строил монастыри по образцу греческих.
В Москву отовсюду потекли книжные сокровища, среди них были не только церковные, но и Гесиод, Плутарх, Фукидид, Демосфен, Эсхил…
Вначале царь во всем потакал Никону. Вопреки «Уложению», воспрещавшему патриарху и вообще духовенству покупать новые земли, Никон покупал их и открывал на этих землях монастыри. Особое внимание его было обращено на созданный им Новоиерусалимский монастырь под Москвой.
Воспитанный в царской семье, где отец Михаил Федорович дал своему отцу, патриарху Филарету, титул «великого государя», Алексей Михайлович сам предложил «собинному другу» Никону принять такой же титул. Никон охотно воспользовался предложением.
В 1654 году, отправляясь в поход, царь Алексей поручил заботам Никона свое семейство, переехавшее из Москвы в Вязьму, спасаясь от моровой язвы.
В 1656-1657 годах, во время войны со Швецией, спровоцированной Никоном, царь оставлял на попечение патриарха все государственные дела.
Недовольство Никоном, захватившим власть, росло среди бояр и не замедлило проникнуть в царский дворец и в женский терем.
Патриарха обожала сестра царя Татьяна Михайловна. Она ездила с ним на строительство Новоиерусалимского монастыря и видела в Никоне великого мужа.
Супруга царя, Мария Ильинична, придерживалась иного мнения. Ее подруга и родственница боярыня Феодосия Морозова, жена боярина Григория, брата Бориса Морозова, ярая сторонница старых церковных правил, ненавидела Никона, решительно и смело настраивала царицу против патриарха, указывая на его неблаговидное поведение.
Жена, как водилось в царской семье, открыла мужу-царю глаза.
Алексей Михайлович наконец понял, что слишком дал волю патриарху, прозрел, что между царем Михаилом и патриархом Филаретом — эта параллель была поначалу особенно дорога ему, — им и Никоном есть огромная разница. Прежде всего в том, что первые двое были членами одной семьи, где вся забота отца шла об укреплении власти сына, а Никон был чужой человек, заботившийся лишь об укреплении своей власти.
Летом 1658 года Никона не пригласили во дворец к обеду по случаю приезда грузинского царевича Теймураза. Патриарх послал своего боярина разведать причину. Окольничий Хитрово ударил его. Никон подал жалобу царю, тот обещал разобраться, но расправы не учинил и избегал встреч с патриархом. Перестал являться на богослужения, передал через боярина Ромодановского свое недовольство тем, что патриарх пишется великим государем, повелев более так не величаться.
В ответ Никон торжественно в церкви заявил, что снимает с себя патриаршую власть. Послал уведомить о том царя. Никакого ответа не последовало.
Никон ждал три дня и уехал в Воскресенский монастырь, а в 1660 году был созван Патриарший собор. Он решил избрать нового патриарха и лишить Никона чести архиерейства. В результате долгой тяжбы его сослали в Белозерский Ферапонтов монастырь, лишив сана.
Патриарх Никон — сложная фигура. Одни считают основной его целью достижение превосходства духовной власти над светской. Другие — личное возвышение, продиктованное непомерным честолюбием. Третьи видят в нем великого реформатора церкви.
Четвертые называют Никона раскольником, надвое разрубившим храм веры.