Первоначально Нандзэндзи был загородной резиденцией, построенной для императора Камэяма. Правда, поначалу все как-то не задалось – вместе с императором в новую резиденцию вселился призрак.
Чтобы избавиться от нечисти, Камэяме пришлось звать на помощь священника Мукану Фумону. Тот блестяще справился с задачей, и благодарный император пригласил его поселиться во дворце.
В 1274 году Камэяма отрекся от престола и стал одним из учеников Муканы Фумоны, а свою резиденцию превратил в монастырь. Начиная с XIV века Нандзэндзи был одним из самых влиятельных дзен-буддийских монастырей империи, и хотя со временем его значение несколько ослабло, он по-прежнему остаётся одним из пяти великих храмов
школы дзен в Киото и центральным для подшколы Риндзай.
Нандзэндзи – довольно большой храмовый комплекс со строения ми, относящимися в основном к XVII веку. Из его 12 так называемых малых храмов три открыты для посещения:
Тэндзюан с «сухим» и пейзажным садами, Контиин и Нандзэнин, расположенный на месте виллы императора Камэямы.
Главный зал настоятеля Ходзё был перенесен в Нандзэндзи из старого Императорского дворца Фусима. Стены его Тигровой
комнаты расписаны художниками школы Кано. Среди панно есть работа самого Кано Тано Тигр, пьющий воду. Тигровая тематика присутствует и в примыкающем к залу Ходзё «сухом» саду, созданном знаменитым Кобари Энсю и носящем название Переправа тигрят через реку.