Лужецкий мнастырь был основан в 1408 году князем Андреем Можайским. Для устройства новой обители князь пригласил настоятеля Белозерского монастыря Ферапонта (Белозерье входило в уделы князя). Семидесятилетний старец подчинился воле князя и прибыл в Можайск. Князь Андрей, возводивший Никольский собор в кремле, приказал поставить каменную Рождественскую церковь и в монастыре.
В XVI веке монастырь полностью отстроили в камне на вклады бывшего архимандрита обители Московского архиепископа Макария. Простоявший сто лет белокаменный Рождественский собор был разобран, и на его месте в 1542 году из кирпича построили большой пятиглавый собор с тем же посвящением. В 1547 году поставили трапезную с Введенской церковью, первоначально шатровой, затем сильно перестроенной. Возвели церковь над могилой Ферапонта, сейчас этот храм не существует, его разрушили в XX веке.
В 1692 году монастырь украсили шатровой четырехъярусной колокольней. Колокольня возводилась на средства патриарха Иоакима и стала усыпальницей его можайской родни – Савеловых.
В нижнем ярусе – колокольной палатке – похоронен родной брат патриарха Павел Савелов, принявший постриг в Лужецком монастыре. Надвратная Преображенская церковь возведена в 1627 году. Лужецкая обитель почти не перестраивалась в дальнейшем и сохранила строгую простоту древней архитектуры.
После революции ценности из монастыря вывезли, надгробные плиты пустили на щебенку для мостовой. На территории монастыря устроили колонию для беспризорных, а затем отдали обитель фурнитурной фабрике. Из всех построек обители сильнее всего оказалась разрушена церковь над могилой основателя монастыря.
Когда в 1960-е годы началась реставрация, советские реставраторы восстановили все, а храм над могилой Ферапонта, также построенный в середине XVI века, решили просто разобрать – спасать было уже нечего. В наши дни монахи выложили план здания по контуру его фундамента старинными резными плитами, сохранившимися в монастыре.